Ik zie dat deze vraag relatief oud is, maar voor het geval:
eCryptfs kan worden beschouwd als een bestandssysteem, dus u hoeft het alleen maar te mounten en vervolgens uw MySQL datadir
naar de gekoppelde map. Het enige nadeel is dat het O_DIRECT niet lijkt te ondersteunen, maar ik denk niet dat MySQL het gebruikt, toch?