Ik weet het niet helemaal zeker, maar overweeg om de voorwaarde te verplaatsen van WHERE voorwaarde om JOIN ON voorwaarde aangezien u een outer join uitvoert (LEFT JOIN ) het maakt verschil in prestaties in tegenstelling tot inner join waar de voorwaarde is op where of join on clausule is equivalent.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');