MySQL-optimalisatie op samenvoegtabellen met bereikcriteria

chrom_only is waarschijnlijk een slechte indexselectie voor je join omdat je alleen chrom 22-waarden hebt.

Als ik dit goed heb geïnterpreteerd, zou de query sneller moeten zijn bij gebruik van start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)