mysqlhotcopy werkt niet in bepaalde gevallen waarin de leesvergrendeling verloren is gegaan, en werkt niet met INNODB-tabellen.
mysqldump wordt meer gebruikt omdat het een back-up kan maken van alle soorten tabellen.
Uit MySQL-documentatie
mysqlhotcopy is een Perl-script dat oorspronkelijk is geschreven en bijgedragen door Tim Bunce. Het gebruikt LOCK TABLES, FLUSH TABLES en cp of scp om snel een databaseback-up te maken. Het is de snelste manier om een back-up te maken van de database of enkele tabellen, maar het kan alleen worden uitgevoerd op dezelfde machine waarop de databasedirectory's zich bevinden. mysqlhotcopy werkt alleen voor het maken van back-ups van MyISAM- en ARCHIVE-tabellen. Het draait op Unix en NetWare
De mysqldump client is een back-upprogramma dat oorspronkelijk is geschreven door Igor Romanenko. Het kan worden gebruikt om een database of een verzameling databases te dumpen voor back-up of overdracht naar een andere SQL-server (niet noodzakelijkerwijs een MySQL-server). De dump bevat meestal SQL-instructies om de tabel te maken, te vullen of beide. Mysqldump kan echter ook worden gebruikt om bestanden te genereren in CSV, andere gescheiden tekst of XML-indeling.
Dag.