Het voor de hand liggende antwoord is:probeer het.
Het bijna voor de hand liggende antwoord is:het uitvoeren van queries is vaak sneller dan het doorlopen van arrays in php. Eén zoekopdracht is veel sneller dan meerdere zoekopdrachten vanwege minder overhead.
Dit is waar ik zou beginnen:
SELECT * FROM table WHERE something IS IN ('a1', 'a2', ..., 'a1000')