Navicat kan dat voor u doen. Het synchroniseert ook schema's en/of gegevens tussen twee mysql-database-instanties. Ik heb het in het verleden met succes gebruikt.
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql/mysql_overview .html
Er is hier een screenshot van de data- en structuursynchronisatietool:
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql /mysql_detail_mac.html#7