Achteraf gezien was dit een heel domme maar moeilijk te herkennen fout. Waarden is een sleutelwoord in sql, dus de tabelnaamwaarden hebben aanhalingstekens eromheen.
def __insert_values(self, values):
cursor = self.connection.cursor()
cursor.executemany("""
insert into `values` (ensg, value, sampleid)
values (%s, %s, %s)""", values)
cursor.close()