1064, je hebt een fout in je SQL-syntaxis;... Python MySQL

De data waarde is een lijst en u probeert het in de query op te maken. En gebruik geen tekenreeksopmaak om variabelen in een query in te voegen - gebruik een juiste queryparameterisatie in plaats daarvan:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Merk op hoe de queryparameters in een tuple worden geplaatst en als afzonderlijk argument worden doorgegeven.