Ik had hetzelfde probleem. Ik heb het opgelost door de KOLOM WIJZIGEN (of KOLOM WIJZIGEN) te doen voordat KOLOM TOEVOEGEN.
In uw voorbeeld zou dat de volgende SQL-instructie opleveren:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;