Dat hangt volledig af van het type site. Als je een klein project bouwt met alleen de webinterface, blijf dan bij je mysql-aanroepen.
Als u een site maakt die groot zal worden en meer dan één service zal dienen, b.v. een Android/iPhone-applicatie is al gepland, bouw de api en laat beide applicaties deze gebruiken. API's zijn geweldig voor schaalbaarheid en voor veel klanten. Voor een webrepresentatie, b.v. voor uw lokale tandarts is het gewoon overhead.