Nee, de huidige versie (5.2.10 beta) ondersteunt dat niet.
Het bestandsformaat is echter niet eigendom - het is een eenvoudig zip-archief. Het bevat een enkel XML-document dat het volledige databasemodel is. Ik schreef deze SO-vraag
een paar maanden geleden met hetzelfde doel als jij lijkt te hebben. Ik wilde svn diff model.mwb . kunnen doen
Het antwoord dat ik daar kreeg, hielp me een klein script te schrijven dat het bestand uitpakte voordat het werd doorgegeven aan de diff-tool. Het werkte behoorlijk en als je geïnteresseerd bent kan ik het ergens posten.
Ik ben ook zeer recentelijk een thread op het Workbench-forum begonnen over dit probleem. Hopelijk kan iemand van het ontwikkelteam hier wat meer informatie over geven.
EDIT:het wordt nu gevolgd door MySQL Bug #51203 met een doel van 6,0.