Hoewel ik niet zeker weet wat het probleem specifiek veroorzaakt (het lijkt erop dat een open verbinding op de een of andere manier in een verbroken staat kan eindigen aan de RDS-clusterzijde), lijkt het probleem erger te worden door de agressieve verbindingspooling en hergebruik op de client-side gebeurt in de MySQL .NET Connector.
Zodra het probleem zich voordoet, lijken de getroffen verbindingen gewoon in de pool te blijven, willekeurig uit de pool te worden opgehaald en keer op keer opnieuw te worden gebruikt. (Heel waarschijnlijk gerelateerd aan hoe u ziet dat het probleem willekeurig blijft optreden als het eenmaal is begonnen.)
Connection Lifetime=x
aan de verbindingsreeks, waarbij x de tijd in seconden is dat een verbinding in leven wordt gehouden voor hergebruik, lijkt op zijn minst de symptomen te verminderen.