Staat JPA geen entiteit toe die is gemaakt van kolommen uit meerdere tabellen?

Ik begrijp je setup niet helemaal.

@SecondaryTable is voor het opslaan van een enkele entiteit in meerdere tabellen, maar in uw geval hebt u een veel-op-een-relatie tussen verschillende entiteiten (elk opgeslagen in een eigen tabel), en deze moet als zodanig worden toegewezen:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}