Uw huidige zoekopdracht is tegenstrijdig omdat een enkele rij nooit kan overeenkomen met de WHERE-clausule. Ik neem aan dat je zoiets wilt.
SELECT product_id
FROM table
WHERE (key='free_shipping' and value='yes') or (key='price' and value='5')
GROUP BY product_id
HAVING COUNT(DISTINCT key) = 2