Het bleek een kwestie van niet-gecommitteerde vragen te zijn. Met dank aan Brent Worden voor de vraag over transacties waardoor ik rondkeek en merkte dat ik automatische vastlegging had uitgeschakeld en niet vastlegde na vragen.
Dus de oplossingen die voor mij werkten:
conn.setAutoCommit(true);
of
statement.executeQuery(query);
conn.commit();
Hierdoor kunnen de zoekopdrachten worden gewist en worden verouderde gegevens voorkomen.