Ik weet niet zeker waarom je het zo wilt doen, er zijn betere manieren, maar om je vraag te beantwoorden, doe het als volgt:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
en onthoud ook dat u de resultaten moet wissen, anders kunt u geen andere zoekopdracht uitvoeren, maar ik denk niet dat verwijderen een resultaat oplevert.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
onthoud ook dat als één query mislukt, de rest niet wordt uitgevoerd. dus om te debuggen, probeer elke query eerst afzonderlijk uit te voeren en zorg ervoor dat alles werkt, aangezien het een delete-instructie is, maak een back-up van uw database voordat u de query uitvoert en herstel indien nodig.