Naast de opmerkingen vond ik nog een reden die het probleem zou kunnen veroorzaken, namelijk dat er geen schema's worden vermeld:
Ik kom dit tegen terwijl ik probeer verbinding te maken met een andere database met andere schema's dan voorheen.
Ga naar Project -> Eigenschappen -> JPA en schakel Standaardschema overschrijven van verbinding uit/uit
Als er een schema is geselecteerd dat niet bestaat in de geselecteerde database, worden er geen schema's weergegeven bij het maken van entiteiten. Voor mij was het probleem dat Eclipse eerder een schema uit de database probeerde te tonen.