Eindelijk het antwoord gevonden toen ik ontdekte dat een ander script dat ik vaak met succes had uitgevoerd niet meer werkte.
Ik had de sortering in mijn database gewijzigd van utf8_general_ci in utf8_bin. Er is een bug in MySQLdb 1.2.3 die ervoor zorgt dat utf8_bin-tekenreeksen niet als tekst worden herkend, dus de unicode-conversie vindt niet plaats. Dit is opgelost in MySQLdb 1.2.4.
https://sourceforge.net/p/mysql-python/bugs/289/