Ik merk dat veel van je InnoDB-threads vastzitten in de staat van "opschonen".
Er is een bug https://bugs.mysql.com/bug.php?id=78777 over threads die in die staat vastzitten. Het is naar verluidt opgelost in MySQL 5.6.35, 5.7.17, 8.0.1. Je moet upgraden naar die versies als je dat nog niet hebt gedaan.
Een andere suggestie is om de grootte van table_open_cache te vergroten . Bewaak de statusvariabelen Open_tables en Opened_tables .
Meer lezen:
- https://dev.mysql.com/ doc/refman/5.7/en/table-cache.html
- https://dba.stackexchange.com/ vragen/45551/hoe-tabel-cache te optimaliseren voor enkele tips.