Ik denk niet dat wat je wilt mogelijk is:ik heb dat nog nooit zien gebeuren, omdat elke bibliotheek (PDO, mysql en mysqli) zijn eigen verbinding met de Dabatase gebruikt -- wat betekent, zoals je merkt, dat verbindingen tot stand worden gebracht met een daarvan wordt niet gedeeld met de anderen.
Ik veronderstel dat je een manier moet vinden om al je code in één keer te migreren - tenminste, voor delen die aan dezelfde transacties moeten werken.