Ik zou kunnen kiezen voor het gebruik van de LOAD DATA statement van MySQL in plaats van Java te gebruiken:
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/file.csv' INTO TABLE table;
Dit zou een groot deel van de overhead die u momenteel heeft voorkomen, ervan uitgaande dat u elke regel verwerkt voordat u deze in MySQL invoegt.
U kunt een LOAD DATA . uitvoeren statement van Java met onbewerkte JDBC.