Count retourneert een waarde en u kunt niet tellen en vervolgens mysql_num_rows aanroepen. Het is het een van het ander.
Je zou kunnen doen
$isExist = mysql_query("Select count(id) from ...");
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}
Als alternatief kunt u de query uitvoeren als:
$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}