Ik liep tegen hetzelfde probleem aan. Naast het gebruik van deze:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
Door dit toe te voegen is het probleem voor mij opgelost:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')