Heb je #define HAVE_INT8_T geprobeerd (en vergelijkbaar, ik denk dat hetzelfde voor andere typen geldt) voordat je de MySQL-header hebt toegevoegd?
D.w.z. zoiets als
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDIT:Als MySQL.h zoiets als een "config.h" bevat, wat de boel weer verknoeit, zou je kunnen proberen om die config.h direct op te nemen, dan de onjuiste definities aan te passen en dan de MySQL.h op te nemen. Er zal waarschijnlijk een include-guard rond de config.h zijn om te voorkomen dat deze opnieuw wordt opgenomen.