Ik denk niet dat je dat gedrag kunt overslaan. Technisch gezien geef je een string door, dus CI interpreteert deze als zodanig en omringt deze eenvoudig met aanhalingstekens.
Ik denk dat je beter af bent door simpelweg de $empIDs met de hand (bijv. met een foreach loop), ontsnappen met $this->db->escape() voor het geval je het zeker wilt weten.