Probeer de subquery te vervangen door een join:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Hier is een link naar een artikel over dit probleem . De schrijver van dat artikel schreef een opgeslagen procedure om MySQL te dwingen subquery's als onafhankelijk te evalueren. Ik betwijfel echter of dat in dit geval nodig is.