Simpel, gebruik een group by bookid om de resultaten te beperken tot één rij per boek. Je kunt group_concat gebruiken om toch alle categorieën in een CSV-lijst te zien.
SELECT book.bookid, book.author, book.title, group_concat(category.categorydesc)
FROM book
JOIN bookscategories ON book.bookid = bookscategories.bookid
JOIN category ON bookscategories.categoryid = category.categoryid
GROUP BY book.book_id
Zie:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.0/en/group-by-functions.html#function_group-concat