Gegevens kopiëren van de ene tabel naar de andere met een specifieke voorwaarde

Uw LEFT JOIN met de voorwaarde consignment.id >id1 is bijna een catesiaans product aan het creëren. Wat je waarschijnlijk wilt, is om alleen rijen in te voegen met een hogere id uit de brontabel dan de hoogste id1 in de bestemmingstabel. Gebruik een SELECT MAX(id) subquery in plaats daarvan:

SELECT [..]
FROM  `eamglo5_singaporelive`.`consignment` 
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1 
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
     SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
  )