Ik zie niet in waarom je de index zou moeten laten vallen. Maak het gewoon een keer aan op de rowid als het nog niet is gedefinieerd als de primaire sleutel in elk van die tabellen, in welk geval het al is geïndexeerd.
Ten slotte kunt u, in plaats van gegevens te verwijderen en vervolgens opnieuw in te voeren, indien mogelijk een update uitvoeren die in het algemeen sneller zou zijn.