Na wat meer zoeken vond ik de volgende link die suggereert dat het een MySQL-bug is:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Gelukkig is het uitschakelen van supports_san_multi_rowcount geholpen!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Voor nu goed genoeg voor mij. Hier is nog een interessante bron die ik onderweg tegenkwam met betrekking tot postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using