Ik ken de graad van pure Python niet die u wilt gebruiken voor de kopie, maar u kunt de hele pijpbewerking delegeren aan de shell.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Dit zou op dezelfde manier moeten werken als wanneer je het op de shell uitvoert.