Uit de documentatie :
Voor InnoDB-tabellen is OPTIMIZE TABLE toegewezen aan ALTER TABLE, waarmee de tabel opnieuw wordt opgebouwd om indexstatistieken bij te werken en ongebruikte ruimte in de geclusterde index vrij te maken. Vanaf MySQL 5.1.27 wordt dit weergegeven in de uitvoer van OPTIMIZE TABLE wanneer u het uitvoert op een InnoDB-tabel, zoals hier wordt weergegeven:
mysql> OPTIMIZE TABLE foo;
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| Table | Op | Msg_type | Msg_text
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| test.foo | optimize | note | Table does not support optimize, doing recreate + analyze ...
| test.foo | optimize | status | OK
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
U kunt OPTIMIZE TABLE op andere opslagengines laten werken door mysqld te starten met de optie --skip-new of --safe-mode. In dit geval wordt OPTIMIZE TABLE gewoon toegewezen aan ALTER TABLE.