mysql-server (van welke versie dan ook) is afhankelijk van andere pakketten (in jouw geval mysql-community-libs mysql-community-server)
Wanneer het in de eerste plaats met de oude versie is geïnstalleerd, is dit spul geïnstalleerd. Wanneer u mysql-server "verwijdert" worden deze afhankelijkheden NIET verwijderd.
Wanneer u de nieuwe versie probeert te installeren, zullen deze nog bestaande pakketten in conflict komen met het nieuwe pakket. Het maakt niet uit of de daadwerkelijke bestanden in het pakket aanwezig zijn, het is het pakket en het is een lijst van wat te verwachten dat in strijd is.
Om uw probleem op te lossen, moet u uitzoeken wat de afhankelijkheden van mysql-server waren en deze verwijderen voordat u de installatie probeert.
Dit antwoord https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package kan interessant zijn om uit te zoeken waar mysql-server van afhankelijk is