Dit maakte me ook gek. Ik zag eindelijk een "waarschuwingsbericht" met de melding "Kan implementatieplan niet genereren vanwege een interne fout". Hierdoor waren de knoppen Update en Script genereren beide uitgeschakeld.
Ik heb dit opgelost door Visual Studio te sluiten, naar de map met het Database-project te navigeren en alle (*.dbmdl) bestanden te verwijderen . Ik heb vervolgens Visual Studio opnieuw opgestart, het vergelijkingsschema opnieuw uitgevoerd en de knop Bijwerken was ingeschakeld.