Ik vermoed dat je tegen hetzelfde probleem aanliep als ik. Ik heb al mijn pakketten via de API gecorrigeerd zodat ze allemaal aangaven dat ze DTS:ProtectionLevel="0" waren die onbeschermd is.
Het projectbestand (.dtproj) heeft ook een beschermingsniveau dat wordt ingesteld op DontSaveSensitive. <SSIS:Project SSIS:ProtectionLevel="DontSaveSensitive" xmlns:SSIS="www.microsoft.com/SqlServer/SSIS">
De mismatch voor mij was dat het in het projectbestand veel te veel informatie over elk pakket bijhoudt, dus als je naar beneden scrolt, zie je een item per pakket zoals <SSIS:Property SSIS:Name="ProtectionLevel">3</SSIS:Property> of wat het standaardnummer ook is. Maak die 0 in het bestand (zoeken en vervangen). Sla het projectbestand op en het zal nu worden opgebouwd.
Mogelijk moet u een Build All uitvoeren om het te laten bouwen. Ik vermoed dat VS/SSDT de extra gegevens die het opslaat in het .dtproj-bestand probeert te gebruiken om te bepalen of het alle pakketten in een project moet valideren. Omdat we het bestand met de hand hebben bewerkt, heeft het geen enkele sensor geactiveerd die normaal zou worden omgedraaid om aan te geven dat een volledige hercompilatie nodig was.