U kunt over het algemeen ook de mysql-client op de server zelf gebruiken. Het is meestal mijn favoriet voor geïmporteerde grote DB's.
mysql -u user -p -h localhost dbname < import.sql
Of in jouw geval om naar de opdrachtprompt te gaan (hetzelfde als het SQL-venster in phpmyadmin:
mysql -u user -p -h localhost dbname