Hier is het antwoord voor het geval iemand de pagina zoekt en vindt.
De fout werd veroorzaakt doordat oude gegevens zich in de browsercache en in cookies bevonden. Ik heb mijn browsercache schoongemaakt, alle domeincookies en sessiecookies verwijderd en het ging weg.
Ik kwam een verschrikkelijke bug tegen in de configuratie van geavanceerde functies:
De buildtabelscripts vragen om het maken van tabellen met de vorm "pma__tablename", terwijl het configuratiescript tabellen van de vorm "pma_tablename" wil laden. Het verschil is niet meteen duidelijk, maar het SQL-script van het buildbestand heeft twee onderstrepingstekens. PhpMyAdmin zou klagen dat de tabel al bestond en zou de tabel niet bouwen. Ik werd gek totdat ik een bericht met deze strekking vond.
Ik zocht naar "pma__" en verving alles door "pma_" en voerde het script voor de bouwtabellen uit en alles werd geregeld.
PhpMyAdmin 4.3.6 werkt nu soepel op mijn lokale systeem.
Sorry voor het valse alarm, maar de foutmelding stuurde me in de verkeerde richting.