Uiteindelijk ben ik erachter gekomen dat het probleem te maken had met het feit dat de gegevens op mijn oorspronkelijke server onjuist naar SQL waren geschreven.
Ik heb uiteindelijk DB overgezet met:
mysqldump --default-character-set=utf8 [ORYGINAL_DB] | mysql [TARGET_DB] --default-character-set=utf8
en de uitvoering:
UPDATE [table name] SET [field] = CONVERT(BINARY CONVERT([field] USING latin2) USING utf8)
zoals het hier adviezen waren:
vreemde tekencodering van opgeslagen gegevens, oud script laat ze goed zien, nieuwe niet
Ik hoop dat de bovenstaande oplossing ook voor anderen nuttig zal zijn.