U kunt dit gebruiken:http://www.ozerov.de/bigdump/
Of
Gebruik deze opdracht om het sql-bestand te splitsen
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
De split-opdracht neemt een bestand en verdeelt het in meerdere bestanden. Het -l 5000 deel vertelt het om het bestand om de vijfduizend regels te splitsen. Het volgende deel is het pad naar uw bestand en het volgende deel is het pad waarnaar u de uitvoer wilt opslaan. Bestanden worden opgeslagen onder de bestandsnaam die u opgeeft (bijv. "dbpart-") met een alfabetische lettercombinatie toegevoegd.
Nu zou je in staat moeten zijn om je bestanden een voor een te importeren via phpMyAdmin zonder probleem.
Meer info http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/