Je bent zo dichtbij! Onthoud dat uw buitenste "inhoud" zelf een array is. Dus de volgende verandering van 2 tekens werkt, gebruik content.$.assets binnen de waarde voor $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zoom vooruit.