U moet de puntnotatie gebruiken voor de arrays.
Dat wil zeggen, u moet de $ . vervangen met de op nul gebaseerde index van het element dat u probeert bij te werken.
Bijvoorbeeld:
db.users.update ({_id: '123'}, { '$set': {"friends.0.emails.0.email" : '2222'} });
zal de eerste e-mail van de eerste vriend bijwerken, en
db.users.update ({_id: '123'}, { '$set': {"friends.0.emails.1.email" : '2222'} })
zal de tweede e-mail van de eerste vriend bijwerken.