Misschien is er een time-out opgetreden voor uw cursor op de server. Probeer timeout=False` in te stellen om te zien of dit het probleem is:
for doc in coll.find(timeout=False)
Zie http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Als het een time-outprobleem was, is een mogelijke oplossing het instellen van de batch_size (zie andere antwoorden).