En natuurlijk vind ik het antwoord direct na het plaatsen van de vraag. Vanuit dit antwoord is de oplossing het toevoegen van een [BsonIgnoreIfDefault]
toeschrijven aan de ID. In het voorbeeld van de vraag zou het zijn:
public class MongoObject
{
[BsonId(IdGenerator = typeof(StringObjectIdGenerator))]
[BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
[BsonIgnoreIfDefault] // <--- this is what was missing
public string MongoID { get; set; }
public int Index { get; set; }
}