Misschien moet u "$set" als volgt in uw updateverzoek gebruiken:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Meer informatie in documentatie
BEWERKEN
Als het niet werkt, komt dit waarschijnlijk omdat er geen match is met je filter.
Misschien moet je proberen een object-ID als volgt te matchen:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Ik hoop dat het helpt.