mongoose.Types.ObjectId is de ObjectId constructorfunctie, wat u wilt gebruiken in schemadefinities is mongoose.Schema.Types.ObjectId (of mongoose.Schema.ObjectId ).
Dus deviceSchema zou er in plaats daarvan zo uit moeten zien:
var deviceSchema = schema({
name : String,
type : String,
room: {type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Room'},
users: [{type:mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'User'}]
});