Je hebt gelijk, eventuele DBRef's worden gretig opgehaald, maar ze worden niet gretig opgeslagen (AFAIK). Als A een verwijzing naar B heeft, slaat Spring Data/MongoDB niet automatisch B op wanneer u A opslaat.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);