Voor wat het waard is, mijn eigenlijke setup is dit, totdat ik iets duidelijk beters bedenk (of vind):
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Dus ja, modellen, weergaven, maar ik doe afzonderlijke routes en de daadwerkelijke implementatie van handlers. Ontkoppeling, afhankelijkheid injectie helemaal. Veel meer testbaar/bespotbaar.