Spring Data Mongo:upsert met verschillende velden bijgewerkt

Ik geloof dat wat je zoekt is $setOnInsert voor subdocument1 . Dus zoiets zou voor jou moeten werken.

Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
                .set("field1", "value1")
                .set("field2", "value2")
                .set("subdocument2", subdocumentObject2)
                .setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);

Meer hier https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operator/update/setOnInsert/