Probeer:
db.XXX.find({ "_id.module" : "B" });
Het verschil is dat uw oorspronkelijke zoekopdracht zou proberen overeen te komen met dat hele subdocument (d.w.z. waarbij _id een subdocument is met een "module"-veld met de waarde "B" en niets anders)
Referentie:MongoDB-puntnotatie