Ik heb het eindelijk opgelost, je moet een middleware gebruiken om alle gegevens in de sessie bij te werken, zodat de cookie opnieuw wordt verzonden, net als volgt:
app.use(function(req, res, next) {
req.session._garbage = Date();
req.session.touch();
next();
});
Op deze manier update maxAge zowel de cookie als de sessie bij elk verzoek aan de app.